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Visualisez en 3D avec Napari

Basé sur le langage Python (décidément, vous n’y échapperez pas), Napari permet la visualisation d’images complexes mais aussi la recherche d’éléments, l’annotation et l’analyse de données.
Le code est bien sûr en open source et l’initiative a reçu un million de dollars de la part de la Chan Zuckerberg Initiative (Madame et Monsieur Facebook).
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Les tous petits pas de l’open


Les fauteuils sont moins confortables rue Michel-Ange
Le CNRS veut évaluer ses chercheurs sous le signe de la science ouverte. En pratique, les changements sont incrémentaux.

En grande pompe. Le CNRS l’a annoncé lors de sa journée science ouverte, Le Monde a repris l’info : l’organisme va (enfin) évaluer ses chercheuses et chercheurs en accord avec les principes de la science ouverte ! A l’heure où s’ouvrent les campagnes de recrutement (voir encadré), quels sont les changements concrets ?

Diversification. Comme l’indique le guide du CNRS, les candidats aux concours 2022 n’ont plus à donner une liste exhaustive de leurs publications mais présentent une sélection de quelques productions – au maximum dix. Mais surtout, la porte est ouverte à d’autres réalisations comme les rapports, les logiciels ou les bases de données…

Verticalité. « C’est plutôt bien et cela facilite le travail des rapporteurs », commente Dorothée Berthomieu, présidente du conseil scientifique du CoNRS, instance chargée notamment de définir les principes de l’évaluation des chercheurs. Sauf que les instructions viennent de la direction du CNRS, sans consultation des présidents de sections (CPCN), déplore-t-elle.

Concision. L’autre évolution se cache dans les formulaires de dossier d’avancement qui se raccourcissent de plus en plus : les chercheurs doivent remplir une fiche résumé de cinq pages (sept en 2021) et l’accompagner d’un CV de quatre pages maximum (contre une notice des titres et travaux sans limite de taille l’an dernier).

Des plaintes. Pour Dorothée Berthomieu, « il s’agit d’une maladresse car beaucoup des sections ont été renouvelées et les nouveaux membres ne connaissent pas l’historique des chercheurs » – comprendre ici qu’ils n’ont pas eu le loisir de lire quatre années de suite le dossier du même candidat malheureux. Un nouveau format qui ne fait donc pas l’unanimité, surtout dans certaines disciplines habituées à de longs dossiers.

Entre la théorie et la pratique… « Le but est clairement d’aller vers une évaluation plus qualitative. Mais ce n’est pas nouveau, depuis 2007, on entend ce discours », admet Dorothée Berthomieu. Sur le terrain, les chercheurs voient bien que dans certains pays ou au sein de certaines disciplines, on se fie toujours au facteur d’impact – par exemple le Sigaps en médecine dont TMN expliquait le fonctionnement.
Population vieillissante

238 chargés de recherche de classe normale, 260 directeurs de recherche de 2e classe et deux directeurs de recherche de 1re classe… Le nombre de postes ouverts au concours du CNRS est à peu près constant depuis 2019, même si l’on peut noter une diminution – légère – des CR au profit des DR. En revanche, la baisse est notable depuis 2006, année où presque 400 postes de CR avaient été ouverts. Pour 2022, un tiers des postes sont “colorés” – avec une thématique et/ou un labo prioritaire. Enfin, le nombre de CR en poste diminue parallèlement à un vieillissement général de la profession.
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Des visios ludiques avec Gather

 A la quête d’une conférence sympa ?

Pour mettre un peu de piment dans vos visioconférences – on vous présentait SpatialChat il y a peu (c’était ici) – voici aujourd’hui Gather, gratuit jusqu’à 25 personnes. Présenté comme un « mélange entre Zoom et un RPG [jeu de rôle, NDLR] en 2D » par les universitaires de Genève qui vous expliquent comment tirer en partie pour l’enseignement avec des exemples de scénarios pédagogiques.
L’outil est aussi parfait pour organiser des évènements en ligne de type séminaire.
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Jean Frances et Stéphane Le Lay : « La compétition efface la coopération »

Les deux sociologues Jean Frances et Stéphane Le Lay ont écumé le concours de Ma Thèse en 180 secondes. Ils développent dans leur ouvrage Ma thèse en 180 secondes, quand la science devient spectacle leur analyse critique.

Le concours MT180 est-il le révélateur d’une évolution du doctorat ?

JF Ce n’est pas un révélateur mais il s’inscrit dans un mouvement plus large et y participe : aujourd’hui, le doctorat n’est plus que la réalisation de travaux de thèse mais correspond aussi à une scolarité avec la formation et la validation de compétences. C’est dans ce cadre que les doctorants sont amenés à la communication, qui devient ici “promettante” [la promesse d’applications pourtant éloignées de leurs travaux, NDLR]. Le tout est légitimé par les institutions qui soutiennent ce concours – qui aurait été déconsidéré dans les années 1990.

SLL D’un côté, on attend des jeunes docteurs qu’ils soient affutés, de plus en plus brillants, bref, meilleurs qu’il y a quinze ans. De l’autre côté, MT180 banalise le rapport à la recherche. Cet aspect contre-intuitif crée une mise en tension.

Le bénéfice revient-il plutôt aux doctorants ou aux institutions ?

SLL Au départ, on peut penser que ce sont les doctorants qui en bénéficient car ils sont sous les projecteurs, présentent leurs travaux et sortent de l’isolement. Mais certains candidats qui sont allés loin dans le concours témoignent avoir eu le sentiment après coup d’avoir été instrumentalisés à des fins d’images [l’étude des sociologues se déroule en pleine création des Comue, NDLR]. Donc finalement, ce sont plutôt les acteurs institutionnels qui en bénéficient en montrant leurs doctorants.

JF La plupart des doctorants sont satisfaits de la formation à la communication mais moins du rôle qu’on leur demande de jouer. Ils se rendent compte a posteriori qu’ils se sont pris au jeu et en sont venus à une communication promettante.

Pousse-t-on les doctorants à un comportement contraire à l’éthique ?

JF Oui. Pas le format en lui-même – on demande juste au doctorant de faire de la vulgarisation – mais l’exacerbation de la compétition en est la cause. Et cela s’insère dans un contexte où la compétition pour l’obtention des moyens afin de mener ses recherches, qui deviennent de plus en plus rares, incite à des comportements contraires à l’éthique. Les candidats arrivent en général dans le concours sans cynisme mais réalisent que s’ils veulent gagner, ils doivent se débarrasser de certaines règles d’éthique. 

SLL La compétition interindividuelle efface la coopération. En recherche, on ne peut pas travailler seul mais le format du concours pousse à se mettre en avant. Certains candidats mettent “nous” et “équipe” dans leur topo ou sur leur diapositive mais la tendance est plutôt de se montrer comme un chercheur brillant et solitaire.

Comment voyez-vous le futur du concours ?

SLL Certains prédisaient que le concours allait mourir au bout de deux ans mais, huit ans plus tard, il continue à être suivi. Les candidats mentionnent même leur participation dans leur CV, sur LinkedIn ou dans des articles scientifiques. Le concours MT180 a pris une place à part entière dans la gestion de carrière.

JF Le format “trois minutes” tend à se déployer : les présentations courtes deviennent un standard auquel il faut savoir répondre car il est jugé pertinent, notamment par les ressources humaines.

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Interview

Rémy Mosseri : « Une investigation sérieuse prend du temps »

Chercheur en physique, Rémy Mosseri est le référent à l’intégrité scientifique du CNRS depuis 2018.

Combien de dossiers de méconduites scientifiques avez-vous traité depuis votre arrivée ?

Nous avons reçu environ 125 signalements en trois ans : n’importe qui, même extérieur au CNRS, peut en envoyer un. S’ensuit une rapide analyse pour vérifier qu’il s’agit bien d’intégrité scientifique, que le signalement est suffisamment documenté et qu’au moins une personne payée par le CNRS est impliquée, qu’elle soit victime ou mise en cause. Le signalement se transforme alors en saisine : nous en comptons aujourd’hui près de 70. Le traitement est assez long, au minimum six mois mais peut excéder un an : un délai nécessaire pour préserver la présomption d’innocence et le caractère contradictoire de l’investigation. A l’heure actuelle, nous avons rédigé 24 rapports dont 11 concluent à l’absence de faute – les fautifs n’étant d’ailleurs pas forcément des employés du CNRS. C’est ensuite le PDG du CNRS qui décide d’éventuelles suites disciplinaires. A ce jour, quatre rapports ont débouché sur des sanctions. La palette est large : ce sont principalement des sanctions légères du type avertissement ou blâme qui ont été prononcées, avec un cas débouchant sur une non-titularisation.

Quel genre de cas rencontrez-vous ? Est-ce difficile d’enquêter ?


On se réfère souvent à la trilogie FFP [Fabrication, Falsification, Plagiat, NDLR] à laquelle s’ajoute un ensemble de pratiques dites « discutables » souvent moins graves, même si les personnes touchées les ressentent vivement. Nous rencontrons tous ces types de méconduites, même s’il faut dire que les cas graves sont rares – et c’est tant mieux. Une bonne moitié correspondent à des collaborations qui ont mal fini : le contenu, les places dans les publications ou l’utilisation des données est alors disputé. Ils sont souvent complexes à traiter car il faut démêler les éléments partagés avant la querelle de ce qui vient ensuite. Et, oui, il peut être difficile d’obtenir des informations pertinentes, ce qui ralentit les investigations. Un bon tiers des cas relèvent du plagiat potentiel. Enfin, les sciences de la vie représentent la moitié des cas – une part supérieure à leur proportion au sein du CNRS –, ce qui mériterait une analyse pour essayer d’en expliquer les raisons.

Les rapports que vous rédigez suite aux enquêtes sont-ils ou seront-ils rendus publics ?

Nos rapports sont adressés PDG du CNRS, pour l’informer sur la réalité et le cas échéant la gravité d’un signalement de méconduite ; ils ne sont en général pas rendus publics mais il y a des exceptions. La plupart des cas ne sont pas médiatisés, pourquoi alors en faire la publicité au-delà du raisonnable ? En revanche, les personnels concernés sont informés des conclusions du rapport par un courrier venant du PDG du CNRS. Celui-ci n’étant pas confidentiel, ils peuvent l’utiliser, s’ils ont été accusés à tort, pour se défendre publiquement. Enfin, si la personne à l’origine du signalement est victime ou partie prenante, elle reçoit également les conclusions du rapport. Si elle est extérieure, elle est juste informée de façon succincte.

Comment former les référents intégrité ?


La première génération de référents [leur mise en place généralisée date de 2017, NDLR] n’a pas reçu de réelle formation préalable mais a pu bénéficier des nombreux documents existants et d’échanges dans le cadre du réseau des référents, le Resint. Nous sommes en train de finaliser une série de fiches pratiques basées sur nos retours d’expérience. Le réseau organise également des séminaires, dont un récent sur la médiation. La médiation est un outil sur lequel nous ne sommes généralement pas formés mais qui s’avère nécessaire dans un certain nombre de cas. De manière générale, tout comme l’évaluation, cette fonction de référent intégrité doit rester selon moi assurée par les pairs et non par des « professionnels de l’intégrité ».

Pour quelle raison ?


Il faut d’une part bien connaître les pratiques de recherche en général mais également savoir que les disciplines peuvent avoir des fonctionnements différents. Par exemple, la notion de propriété des sujets de recherche n’existe pas vraiment dans ma discipline, en physique, contrairement à par exemple la sociologie, où des chercheurs se plaignent qu’un autre empiète sur son « terrain ». De même, le plagiat peut recouvrir des définitions un peu différentes entre les sciences de la nature et les sciences humaines et sociales.

Les chercheurs connaissent-ils assez l’existence et le rôle des référents intégrité ?

L’image des référents intégrité est, je crois et j’espère, plutôt bonne, en tout cas auprès de ceux qui nous connaissent. Nous répondons à toutes les invitations pour présenter nos missions, nous passons notre temps à parler aux chercheurs, notamment via la communication du CNRS. J’insiste sur le fait que le respect de l’intégrité scientifique est une condition importante pour maintenir la confiance, que ce soit entre chercheurs ou auprès du grand public. Nous nous sommes demandé si le fait de beaucoup communiquer en interne ouvrirait une boîte de Pandore, mais la fréquence des signalements a en réalité peu évolué depuis trois ans. Je voudrais par ailleurs préciser que je suis toujours chercheur : je consacre 60% de mon temps à mon rôle de référent et le reste à mon activité de recherche.

Qu’attendez-vous des décrets d’application de la loi recherche ?


La LPR parlait d’intégrité mais se concentrait sur le rôle du Hcéres et par là même de l’Office français de l’intégrité scientifique, sans évoquer celui des référents intégrité scientifique – alors que le rapport de l’OPESCT s’y attardait. Je craignais donc au départ une approche par trop descendante et, comme beaucoup, je souhaitais que les référents, aujourd’hui définis uniquement par une circulaire, soient inscrits dans la loi, comme c’est le cas pour nos collègues référents déontologues. Nos voix semblent avoir été entendues, à la lecture du projet de décret d’application de la LPR, et c’est tant mieux.

Concernant les délais d’enquête, le décret non encore paru introduirait la notion de « délai raisonnable ».  Que veut dire “raisonnable” ?

Les auteurs de signalement s’attendent souvent à ce que nous leur donnions raison en quelques semaines ! Certes, nous accusons réception rapidement des signalements et assez vite, nous sommes en mesure de dire s’ils se transforment en saisine ou pas. Par contre, l’investigation elle-même peut-être assez longue, si l’on prend bien en compte la présomption d’innocence des personnes mises en cause et le côté contradictoire de l’enquête. La plupart du temps, nous faisons appel à des experts du domaine pour nous forger une opinion. Si l’on compte la préparation d’un dossier à envoyer aux experts, leur temps d’analyse – non rémunéré – puis notre analyse de leur rapport, on comprend alors qu’une investigation sérieuse peut prendre du temps.

Votre fonction de référent intégrité a-t-elle changé votre vision de la recherche ?

Je n’ai pas eu de choc car j’avais déjà de la bouteille en tant que chercheur. Je rappelle par ailleurs que les cas vraiment graves sont rares, au moins parmi ceux que nous traitons. Mais j’ai été, plus souvent que je ne l’aurais cru au départ, confronté au fait que de nombreuses méconduites s’accompagnent de souffrance individuelle. C’est quelque chose auquel il faut faire face, indépendamment de l’enquête en elle-même. Sur un plan plus général, je pense utile de s’interroger sur l’évolution des modalités pratiques de la recherche : la concurrence accrue, la lutte pour les financements, la mise en exergue d’une excellence pas toujours claire dans son contenu… ont-elles une influence, qualitative ou quantitative, sur les méconduites ? Je note avec intérêt qu’un début de prise de conscience sur les méfaits d’une bibliométrie quantitative trop prégnante sur les évaluations des personnes et des projets. Mais beaucoup de travail reste à faire de ce côté-là.
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Les enquêteurs de l’ombre

Mais qui sont les référents à l’intégrité scientifique ? Petit tour d’horizon français.

Avant-garde. Les référents à l’intégrité scientifique (RIS pour les intimes) sont apparus depuis la circulaire Mandon de 2017 et ce vadémécum qui en fixe ses contours, même si certains postes équivalent existaient auparavant. Ils sont aujourd’hui 170 en France, rien n’obligeant pour le moment un établissement à en posséder un. 

A mon signal. Les situations sont disparates. A l’université de Rennes 2, Alexandre Serres, RIS de son état, a reçu quinze signalements en quatre ans. Le CNRS dispose quant à lui d’une équipe de cinq personnes avec à sa tête Rémy Mosseri (lire l’interview) pour gérer les quelques 125 signalements déposés en trois ans.

Méthode maison. Une hétérogénéité qui se retrouvent également dans les pratiques, qu’essaie de pallier le Réseau national des référents à l’intégrité scientifique à grand renfort de documentation et de séminaires. Alexandre Serres témoigne :« Lorsque j’ai pris mes fonctions en 2018, c’était le flou total sur les procédures de traitement des dossiers ».

Protéger et sévir. « Notre rôle n’est pas celui de médiateur mais d’établir la réalité des faits et de les expertiser en termes d’intégrité scientifique », affirme Alexandre Serres. Revient ensuite au chef d’établissement la décision d’éventuelles sanctions.« Il y a eu beaucoup d’impunité sur le plagiat en France, nous avons le devoir d’être plus ferme ».

Confortez-les. D’après une étude menée par l’IRAFPA sur les RIS en France, ces derniers manquent de confiance en eux, en partie à cause du manque de soutien et de moyens, notamment sur l’accès à l’information et au dialogue avec les chercheurs. Le turnover est assez grand dans ce genre de fonction.

Dark side of the… Certains référents vivent une véritable crise existentielle une fois confrontés à la face noire du métier de chercheurs que beaucoup ne voient (ou ne veulent pas voir). L’IRAFPA pointe également l’absence de formation et même de critères précis de recrutement des référents par les établissements.

Incorruptible. Une bonne connaissance de l’établissement et des disciplines couvertes est importante pour Alexandre Serres, « mais il faut surtout être impartial et avoir de la distance par rapport aux enjeux internes : on ne peut pas être directeur de labo par exemple. L’éméritat permet tout cela en même temps ». De fait, un tiers des RIS est émérite. 

Et la transparence, dans tout ça ?  Les référents défendent la plus stricte confidentialité durant l’enquête qui leur permet d’éviter les pressions mais plaident pour une procédure transparente : « Tous les chercheurs doivent voir comment nous travaillons ». C’est d’ailleurs un des points du décret à paraître prochainement (voir encadré ci-dessous).
Un décret qui se fait attendre

C’est un peu passé inaperçu mais l’article 16 de la loi recherche (votée il y a un an déjà) appelait à l’écriture d’un décret sur l’intégrité scientifique. Si sa parution est toujours attendue, un projet de décret prévoit :

– Une reconnaissance officielle  des référents à l’intégrité scientifique, enfin inscrits dans la loi, et l’obligation pour tous les établissements d’en posséder un, 

Une détection des manquements “favorisée”  par les établissements (et non systématique) – ouf, les RIS ne devront pas passer leurs journées à scruter Pubpeer,

– Un délai « raisonnable » d’enquête  qui reste flou et, selon les référents intégrité eux-mêmes, est aujourd’hui difficile à contracter (voir l’interview de Rémy Mosseri), 

Une possibilité de déport en cas de conflit d‘intérêts si des chercheurs du même laboratoire que le référent intégrité ou carrément la gouvernance de l’établissement sont impliqués. Soumis au vote du Cneser le 12 octobre, le décret encore en suspens a été rejeté par les syndicats car il ne répondait pas à leurs attentes : protection insuffisantes des lanceurs d’alerte mais aussi des accusés selon la CFDT, voire crainte de restriction des libertés académiques pour FO – dégât collatéral du faux débat sur l’islamogauchisme. Malgré ces critiques, tout porte à croire que le texte restera en l’état.